A área de ensino da Beneficência Portuguesa de São Paulo trabalha, também, com um sistema de educação altamente eficaz conhecido como Residência Médica.
Nele, os alunos são treinados por meio de um rigoroso padrão de ética e qualidade, visando a excelência em todos os serviços aprendidos.
O projeto foi credenciado pelo MEC em 1999 e, atualmente, forma em média 15 médicos por ano.
O programa oferece ensino nas seguintes área:
| Residência Médica |
| Anestesiologia |
| Cardiologia |
| Cirurgia Cardíaca |
| Neurologia |
| Neurocirurgia |
| Otorrinolaringologia |
| Radiologia - Diagnóstico por Imagem |
Entre 2001 e 2008, a Residência Médica formou 45 anestesiologistas, 16 radiologistas e 11 otorrinolaringologistas.